collagen type VI alpha 2 (COL6A2) - 5412 nt intron 27 reference sequence

Contains alternative 3'-terminal exons 28b and 28c

(intronic numbering for coding DNA Reference Sequence)


         .         .         .         .         .         .  g.33483
gtaatgcagggcaccctgagccaccaccccagactagcaaagcagccctggtgtccttcc  c.2461+60

         .         .         .         .         .         .  g.33543
tcctcgagggccgggctgggggaggggccgtgcagggacccggggggcggcggagccact  c.2461+120

         .         .         .         .         .         .  g.33603
gcggaggctgctccttagggagatggccccaggatggcagcacaggggaggaggggcttg  c.2461+180

         .         .         .         .         .         .  g.33663
gggaaggcaggctcccaggaacgcaggaacagcatcacgaggccatgaggtgggtgctgc  c.2461+240

         .         .         .         .         .         .  g.33723
tagcctggcgctgtgctcggcatgtggccactggtcttgaaggcccaccatgggccttgc  c.2461+300

         .         .         .         .         .         .  g.33783
agtctccctcagctgccgcccagctcccatgggctggccgtgcatgtgccactcggagga  c.2461+360

         .         .         .         .         .         .  g.33843
agccctggattcagtgagtgaaaccatcccggggtggaagcactgacaccccccagcacc  c.2461+420

         .         .         .         .         .         .  g.33903
agcaggtcttgctccaaccctggcctgcctcggagctgcagctgcggctctcacatctct  c.2461+480

         .         .         .         .         .         .  g.33963
gggagtgggggagcccatgtcccggatgtggcccacgtgggtgtgaagctggagctgggg  c.2461+540

         .         .         .         .         .         .  g.34023
gtgccgtccaggctctgctggacgtggtgctgcccccatggtgcactgctgcaccgtacc  c.2461+600

         .         .         .         .         .         .  g.34083
tgggcccacaggaggtccccgggggcgttaggagctgagtccccctcagtgagccgtccc  c.2461+660

         .         .         .         .         .         .  g.34143
ctccaggagtgtgagggtagggatgccatggagacagggtgggagggtccgacctggagg  c.2461+720

         .         .         .         .         .         .  g.34203
accacagggaggaaacctcagggtctgcggtacgaagtcagcgcttcctcagcacgcggg  c.2461+780

         .         .         .         .         .         .  g.34263
tcgcggtgtgcgttcgggcgttccatggggagctcccggtgggtgagctgggccactgag  c.2461+840

         .         .         .         .         .         .  g.34323
cacattcacaggccctgaggctgccccaggggaggagccgtggactcagagccgaggttc  c.2461+900

         .         .         .         .         .         .  g.34383
cccatacgtgctgcgacagagaacctagggcttgcacctgggtctggctgcccttcagca  c.2461+960

         .         .         .         .         .         .  g.34443
ggcgggcagcctctggccccacaacagtgggctgtgcttctgccgccaaggtgcaggcgt  c.2461+1020

         .         .         .         .         .         .  g.34503
cctcccccagggtccacatcagcagcaggggcacctggaccctgagggcaggaaccagac  c.2461+1080

         .         .         .         .         .         .  g.34563
cttggctcctccacccaccccctcgttcctgatggggcagggaagtctcgggaccccatg  c.2461+1140

         .         .         .         .         .         .  g.34623
atgggcgacatggcgatggtcactgtgggtgctttgctatcaggtggggggccttcctct  c.2461+1200

         .         .         .         .         .         .  g.34683
ccactctgggtccagtgtgagtggccgctatggcttcccctccactccaggttctatcgt  c.2461+1260

         .         .         .         .         .         .  g.34743
gagtgggtgggtgctgcgtctgtggatgtcacgtgacctttcctctttagcctatcattg  c.2461+1320

         .         .         .         .         .         .  g.34803
tagttgggagttagttagcccgttgagcgtcattgaatttccagtgttgagccagccctg  c.2461+1380

         .         .         .         .         .         .  g.34863
cgtgcccgggataaacccacctggccgtggtgtgtggccctgtttatgcacgtgggccct  c.2461+1440

         .         .         .         .         .         .  g.34923
gattcgctgatgcctgcctgagggtttgcgcttatcggcgacatcagcctgcacttttct  c.2461+1500

         .         .         .         .         .         .  g.34983
tttctcgtgatctctctggttctggcctcagggtgacgtgggcctcgtagggtcctgtgg  c.2461+1560

         .         .         .         .         .         .  g.35043
tggctcctccccagacggtgacatggagtgagcccattctccctcctgggagtgggtcac  c.2461+1620

         .         .         .         .         .         .  g.35103
tcaggccaccagagcaccacagggaaagcagccagggaggacacggaggcccttgaagct  c.2461+1680

         .         .         .         .         .         .  g.35163
ctggcctcttctgaggcctccaggacctgacagtgagtgggagcagccctggcagaaccc  c.2461+1740

         .         .         .         .         .         .  g.35223
ctcccctcctctcggccgccctgacacctcatccccgacactcagagctcatcctccttc  c.2461+1800

         .         .         .         .         .         .  g.35283
ccagctgtttccaatttcaaagtgaactcgaccttgtggctccaggagatgcagcaggga  c.2461+1860

         .         .         .         .         .         .  g.35343
cagtgttaaatcggctttcaccagcccacacggccaggcatcctcctcggccctcctggg  c.2461+1920

         .         .         .         .         .         .  g.35403
cactgggtggacaccactggctgtggcctggccctggccttctccagacagccctgtcca  c.2461+1980

         .         .         .         .         .         .  g.35463
ccccaaagcccagccaccctgggcctgcagcaggcctgtggagttctcagttgcgtgggg  c.2461+2040

         .         .         .         .         .         .  g.35523
accagagggtgctggagaaacaaaccagacgcagctgaaggcagtcagggcagggcgcaa  c.2461+2100

         .         .         .         .         .         .  g.35583
tcagcgataagagctgcataggggccacagcgtaacctgagctccagtcggtggaaagaa  c.2461+2160

         .         .         .         .         .         .  g.35643
aaggcagagacgttgcagaggccaggtctgctcaggggaagacagttctgggtgtagagg  c.2461+2220

         .         .         .         .         .         .  g.35703
actcacatcccagagaggctgaggaagggtttaccaccgcaagctttctcaggcgggctc  c.2461+2280

         .         .         .         .         .         .  g.35763
ttgaggggtggctggggtcttcctggcgacgggcctgcggcactggaagccctactggag  c.2461+2340

         .         .  | 28b     .         .         .         .  g.35823
tttggcctgtctccggcacag | gtttggacggagctgttttgtgctgaaaggttttctcgg  c.2461+2400
                    G     L  D  G  A  V  L  C  *                 p.821+8 
                      ^  alternative 3'-terminal exon 28b

         .         .         .         .         .         .  g.35883
ggtccgtggtgtcccccaaaggtgccaccgtgcgggtctcctagctccctgccagcttcc  c.2461+2460

         .         .         .         .         .         .  g.35943
tgtccctgtgctcactgcccccacgcctcctgccaaggccgagccacacacccgctccac  c.2461+2520

         .         .         .         .         .         .  g.36003
ctgcatttcctctaccgactcgccagcccaaatgccgctcttcactctggcctcgctgag  c.2461+2580

         .         .         .         .         .         .  g.36063
cggctgcccgaggaggagctctaggccgacgcccaccgcaggccttacagtcttctctgg  c.2461+2640

         .     /      .         .         .         .         .  g.36123
acgctcccttgcag / atgcaccgtggcctggcggcgagcccccggtcaccttcctccgcac  c.2461+2700
             D /   A  P  W  P  G  G  E  P  P  V  T  F  L  R  T   p.822-15
               ^  alternative 3'-terminal exon 28c

        g.36129
ggaaga  c.2461+2706
 E  E    p.822-17

--------------------- middle of intron ---------------------
                                         g.36130              g.36135
                                         c.2462-2706  ggggcc  c.2462-2701
                                                       G  P   p.822-19

.         .         .         .         .         .           g.36195
ggacgccaccttccccaggaccattcccctgatccaacagttgctaaacgccacggagct  c.2462-2641
 D  A  T  F  P  R  T  I  P  L  I  Q  Q  L  L  N  A  T  E  L   p.822-39
                    
.         .         .         .         .         .           g.36255
cacgcaggacccggccgcctactcccagctggtggccgtgctggtctacaccgccgagcg  c.2462-2581
 T  Q  D  P  A  A  Y  S  Q  L  V  A  V  L  V  Y  T  A  E  R    p.822-59

.         .         .         .         .         .           g.36315
ggccaagttcgccaccggggtagagcggcaggactggatggagctgttcattgacacctt  c.2462-2521
 A  K  F  A  T  G  V  E  R  Q  D  W  M  E  L  F  I  D  T  F    p.822-79

.         .         .         .         .         .           g.36375
taagctggtgcacagggacatcgtgggggaccccgagaccgcgctggccctctgctaaag  c.2462-2461
 K  L  V  H  R  D  I  V  G  D  P  E  T  A  L  A  L  C  *      p.822-98

.         .         .         .         .         .           g.36435
cccgggcacccgcccagccgggctgggccctccctgccacactagcttcccagggctgcc  c.2462-2401

.         .         .         .         .         .           g.36495
cccgacaggctggctctcagtggaggccagagatctggaatcggggtcagcggggctaca  c.2462-2341

.         .         .         .         .         .           g.36555
gtccttccaggggctctggggcagctcccagcctcttcccatgctggtggccaccgtgtc  c.2462-2281

.         .         .         .         .         .           g.36615
ccttgctgcggctgcatcttccagtctctcctccgtcttcctgtggccgctctctttata  c.2462-2221

.         .         .         .         .         .           g.36675
agaaccctggtcattgaatttaaggcccaccccaagtccagaatgacctcgcaagaccct  c.2462-2161

.         .  /         .         .         .         .           g.36735
taactcactccc / gtctgcagagtccttctttgctgcatcaggtcaccctcacaggctcca  c.2462-2101
             /
             ^  polyA-addition site exons 28b and 28c

.         .         .         .         .         .           g.36795
gggtttgggtgtggaagtctttggaggcccttacttagcggcccagctgggctgccgtgc  c.2462-2041

.         .         .         .         .         .           g.36855
gtctgggatggggctgagggagggtgctgcccaggtgctggaggatgttccagcaccagg  c.2462-1981

.         .         .         .         .         .           g.36915
ttccagcggagcctcggaaacaggccccagaggctggtgagcctcgctgggtgtgggcac  c.2462-1921

.         .         .         .         .         .           g.36975
taatcccgtgcatggtgactcgtgggcgctcacggcccacctggtggcaggtgaaggctt  c.2462-1861

.         .         .         .         .         .           g.37035
ccggttgggcagcagatagtcctgggggaagctggcagtcctggcaccatgacgtatctg  c.2462-1801

.         .         .         .         .         .           g.37095
ggctggtgtcatgcacagtagggcgaatggccacagctgcctgccagcagccctgatccc  c.2462-1741

.         .         .         .         .         .           g.37155
ggggtgtctgcacccttccagcccaacctctgggtctccaaaagcacagtcgggggagca  c.2462-1681

.         .         .         .         .         .           g.37215
tccaccaggcacaacctctgcggtcctcagaggactgagcagagaatcccagggtccaca  c.2462-1621

.         .         .         .         .         .           g.37275
atgttggggagcggcagggatcaccatccaaagggagcggcccccacggcgagctgaccc  c.2462-1561

.         .         .         .         .         .           g.37335
cgacgttctgactgcaggagccctcatccaggctgggctcctgccgggcacggctgtgac  c.2462-1501

.         .         .         .         .         .           g.37395
catttctcagggccaggttctcgtccccacacccactgcacagggcaggccaggctggtc  c.2462-1441

.         .         .         .         .         .           g.37455
ttcccactgtggggatgaaggatcctccacaggaggaggagagcagagtccacagacatc  c.2462-1381

.         .         .         .         .         .           g.37515
ccaacagcctcagcctccctgtgcctggccggcccccacagcttccccgtctcctccagg  c.2462-1321

.         .         .         .         .         .           g.37575
ccccacagacactgatgaatggacagagacccccaaaaccagctgccccttgcatgtctg  c.2462-1261

.         .         .         .         .         .           g.37635
tctccatatgtttggtgacagcagtgaaaatgttattagttttgagggggtttgggaagc  c.2462-1201

.         .         .         .         .         .           g.37695
ccagcggtacctgaggagtttctggacatttaagccggttcctaggtgtggccttaacag  c.2462-1141

.         .         .         .         .         .           g.37755
ggaggctgcccttcctttcactgaatgagctgcgtcactcataagctcactgagggaacc  c.2462-1081

.         .         .         .         .         .           g.37815
ccatctgccagctcgtgcgtgctcagacggcgtccatgtctcaagcgttctgtgaaggct  c.2462-1021

.         .         .         .         .         .           g.37875
gcggtgcagcgtgaggtcaccctgctgtgttcagagctttgctcactgcctgcggggctg  c.2462-961

.         .         .         .         .         .           g.37935
gaccgttgcacctccagggcccccagaaaccgagtttcgggtcagggtcctctgtgtgca  c.2462-901

.         .         .         .         .         .           g.37995
ttcctgggggtccatgtaccagctgtgacgacgtccaggggttgggctgagaagcagaca  c.2462-841

.         .         .         .         .         .           g.38055
cccttggggaaactggctctgtccctcccctcccccatcccaggagctgaggtcttggtg  c.2462-781

.         .         .         .         .         .           g.38115
aggccacagggccaggtccacgcaaggactgtccgtgtcctgtcctgtggtctctggccc  c.2462-721

.         .         .         .         .         .           g.38175
cacgtgacacccacacgtgtggtaggcagcctggcctgggttgtggctatggccaggccc  c.2462-661

.         .         .         .         .         .           g.38235
ccaagctgtccccgatgcccagggctggtgaccacccaggcaggtgggggccccacttgg  c.2462-601

.         .         .         .         .         .           g.38295
taacagagtcatagggcagaacccacctgggctgccacagaaggtctggctgcccctgtg  c.2462-541

.         .         .         .         .         .           g.38355
cccactgctccccaccatggccaatcagaagagtcaggggctcctggtctttccgggagg  c.2462-481

.         .         .         .         .         .           g.38415
gacgtggcccagccagctctaggtgttctgagcagctctgggacccagcgattgaggggt  c.2462-421

.         .         .         .         .         .           g.38475
caggctgggggtgtcagagccagggtcctccttaagtacctcccacactacacagacagt  c.2462-361

.         .         .         .         .         .           g.38535
ggcccttttgtgggcagcaaattcttgagccatgaaaggatgctttgggccccttccctc  c.2462-301

.         .         .         .         .         .           g.38595
ccaggagggcagcctgtgcagggatggtgctcagcaggtggacagggcctggggcctgtg  c.2462-241

.         .         .         .         .         .           g.38655
tcagggtctcaggcctgggagcaccagcagaggagatggcggctcccagcagtgccgcct  c.2462-181

.         .         .         .         .         .           g.38715
gaaagtgtcttgggctaaggacccacacccagggctgccctgcagaaacgcccccgcaga  c.2462-121

.         .         .         .         .         .           g.38775
gcccagtggtctgtgaggttgcaggcagggtgcgaatggaagggcacaggtgcggggctg  c.2462-61

.         .         .         .         .         .           g.38835
gcacctgcccggtcctgcccacctcccctccgcccagcccgcacctgcgtctccccacag  c.2462-1


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